２０１５年１２月実施の
バイオインフォマティックス講義の課題は以下の通りです。

実施すること
１．配布された用紙にある用語について、各自で調べる
　　　　（→提出不要。但し定期試験の範囲です）

２．課題１
　　1.下の課題シークエンスファイルから、好きな番号のシークエンスを選ぶ（Seq1～Seq30）
　　2.一旦保存し、DNASIS PROソフトウエアでデータを展開する。
　　3.塩基長さを確認し、記録する。
　　4.DDBJのホームページを開き、そこでBlast検索を行う。
　　5.その結果、第1位に類似度が高かったデータは、どのようなものか確認する。
　　6.アノテーション情報を読み、提出レポートにある内容を記録する。
　　7.第1位に類似度が高かったデータに記載されてる「属」と同じ属のデータセットを選択する。
　　　（右クリックして、対象をファイルに保存を選び、デスクトップに一旦保存する）
　　8.DNASIS PROを使い、自分が選んだ属のデータセットを開く（Select All→Importを選択）。
　　9.自分が選んだ課題シークエンスをもう一度開き、その塩基配列をselect allして、コピーする。
　　10.属データセットのファイルに戻り、Sequence→New DNAを選び、塩基配列データの一番下に
　　　　Untitledという行が追加されたことを確認し、そこに課題シークエンスをペーストする。
　　11.Untitiledのところに課題シークエンス番号を入力する。
　　12.統合したファイルを保存する。File→Exprotを選び、保存場所は自分のパソコンのデスク
　　　トップに変更し、またTarget sequnceのラジオボタン（選択ボタン）をAll sequences in a fileに
　　　変え、適当な名前を付けて、保存する。
　　10.ClstalXソフトウエアを開き、上記の保存データを展開する。
　　11.アライメントを実行する（Alignment→Do complete alignmentを選択）
　　12.遺伝距離の計算をNJ法で実施する（Trees→Draw N-J treeを選択）
　　13.遺伝距離の算出結果ファイルをTreeviewソフトウエアで展開する。
　　14.樹形をPhylogramに変更する。
　　15.自分のシークエンスと最も近縁にいる菌種名を確認する。

３．課題２
　　　遺伝子の塩基配列をアミノ酸への翻訳し、その遺伝子産物の機能を解析する。

　　１、課題2のシークエンスファイルから、好きな番号の遺伝子を選ぶ（Gene1～Gene10）
　　２、選択した遺伝子の塩基配列をDNASIS PROで展開する。
　　３、塩基配列の長さを確認し、記録する。
　　４、翻訳をクリックし、翻訳させる。3通りの配列が表示されるのを確認する。
　　５、塩基配列をコピーし、EBI ( http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/)を開いてペースト
　　　　（貼り付け）し、runをクリックする。
　　６、翻訳したアミノ酸配列をコピーし、DNASIS PROで開く。
　　７、アミノ酸配列を確認し、記録する。
　　８、DDBJのホームページを開き、そこでBLAST検索を行う。
　　９、その結果、第1位に類似度が高かったデータは、どのようなものか確認する。
　　１０、第2位から第5位に関しても同様に行う。最終的に選択した遺伝子または遺伝子産物
　　　　　（タンパク質）の機能を解析する。

　　　